Методы семейной психотерапии, как правило, применяются при психогенных непсихотических нарушениях, таких как неврозы, острые аффективные и суицидальные реакции, ситуативно обусловленные патологические нарушения поведения, а также при алкоголизме, наркомании, психопатии, различных психосоматических заболеваниях и психозах.

Будучи областью психотерапии, которая представляет собой систему «воздействия на психику, а через психику на весь организм», семейная психотерапия охватывает описание методов, описывает показания, противопоказания и условия их использования для лечения различных заболеваний, а также оценку эффективности и проблемы подготовки психотерапевтов. Но наряду с этим семейная психотерапия включает в себя и некоторые дополнительные аспекты, которые не рассматриваются другими отраслями психотерапии. К ним относится нормальное функционирование семьи, виды семейных нарушений, профилактика их возникновения, их влияние на психическое здоровье членов семьи, диагностика нарушений их жизнедеятельности.

Семейная психотерапия включает в себя все разделы, составляющие любую отрасль медицины: норму, патологию, диагностику, методы лечения и др. Развитие семейной психотерапии тесно связано с остальными отраслями психотерапии, в первую очередь, с индивидуальной и групповой. Цели данных отраслей психотерапии сходны между собой — профилактика, лечение, реабилитация. При таком «медицинском подходе» семья рассматривается как группа людей, которая функционирует в социальном контексте, но не как система межличностных отношений, развивающаяся по собственной логике. В данном случае на первый план выходят проблемы, связанные с определением функций «нормальных» и функций «нарушенных», а также структуры семьи и ее динамики.